Это как с Саске. Саске разбудил Шаринган, когда ему было 7 лет, а не в битве с Хаку. Смерть его родителей пробудила его силу. Но он не использовал его должным образом до битвы с хаку.

Причина, вероятно, в том, что его тело не могло поддерживать использование чакры этих глаз, поскольку даже Базовый Шаринган использует тонны чакры. После того, как он вырос и снова столкнулся с опасной ситуацией, он разбудил ее, но на этот раз его чакра была достаточно сильной, чтобы ее использовать. То же самое, вероятно, произошло с Какаши за те два с половиной года. Запасы чакры Какаши в те годы действительно увеличивались в геометрической прогрессии. В части 1 он едва мог обращаться с Шаринганом в течение немного более длительного периода времени, но теперь он использует Мангекё.

Таким образом, он, возможно, воспользовался тем ощущением, которое пробудило Мангекё в первую очередь, но теперь его тело очень способно использовать свою силу, поскольку его чакровые резервы огромны. Может быть, на задании, на тренировке или где-то еще, как это случилось с Саске против Хаку.