Почему Мадару вернули в расцвете сил, тогда как большинство Эдосов, таких как Хирузен и Нагато, вернули в том состоянии, в котором они были в последний раз?

Потому что Кабуто подверг свое тело избирательной эволюции, сочетая в себе лучшие качества из разных периодов своей жизни.

Он восстановил тело Мадары до его физического расцвета и сохранил клетки Хаширамы и Риннеган, которые он изначально получил, когда был стариком.

Он не делал этого с Нагато.

И Хирузен был возрожден Орочимару, другим заклинателем, у которого даже не было времени что-либо делать со своим телом, ну, и у него изначально не было тела Хирузена.

В отличие от случая с Нагато, где у Кабуто была только кровь для работы, он получил фактически труп Мадары, буквально переданный ему Чёрным Зецу.

У него было достаточно времени, чтобы поэкспериментировать с чертами трупа, которыми он обладал.