Как Какаши узнал, что Тоби был Обито?

На самом деле он обнаружил два способа.

Одним из способов было то, что Какаши увидел лицо Обито.

Вторым способом был его Шаринган. Он и Обито «делят» один и тот же шаринган, Какаши получил свой Шариган от Обито, поэтому, как только Обито использовал свой MS, для Какаши все щелкнуло.